選後造成的民族撕裂傷
319當天，泛綠和泛藍陣營都宣布取消一切競選活動，連宋陣營由馬英九和連戰夫人連方瑀作為代表，到醫院探望總統陳水扁。連戰在晚間陳水扁回到台北官邸後也親自前往探視，但因陳水扁已經就寢遭而未見到面，連戰在留下名片後離去。
然而，正副總統在光天化日、眾目睽睽之下竟然遭到槍擊，這看起來扯到不行、幾近誇張的消息，馬上引發外界議論。許多人第一時間就懷疑這案子是「假的」，特別是藍營支持者更懷疑這是為了隔天大選的「終極奧步」，為了要博取同情。但綠營支持者則認為，陳水扁遭到槍擊是因為原本看似勝券在握的藍營，因為陳水扁後勢看漲，大有連任成功的可能，行兇者為了阻止綠營勝選而使出的狠招。
總之，319的夜晚就在兩個陣營支持群眾心裡埋下懷疑彼此的種子，以及大家「奧步來，奧步去」的流言蜚語中度過。
如果說前一天的槍擊案對藍營而言，僅是懷疑對手使出奧步，在勝負未知的情況下還能平靜看待。那麼320大選的開票結果，無疑是催化他們心中憤怒的最後稻草。加上藍營認為此次選舉有多達33萬張的廢票，足以左右選情，質疑投開票有不公的情況。
藍營支持者在開票結果出爐後，當晚開始便聚集在連宋競選總部前不願散去，要求重點選票，甚至爆發警民衝突。這樣的抗爭不僅發生在開票當晚，而是持續到4月，期間藍營發動數次大型集會遊行，表達對大選結果不滿的訴求。
泛藍支持者認為，在3月19日之前的所有民調，無論是選前10天之前所公布的，還是之後所做的內部民調都顯示，連宋領先對手6到7個百分點。但是在3月19日槍擊事件之後局勢急轉直下，領先優勢瞬間只剩下1個百分點，到了大選當天更是結果直接逆轉。藍營支持者始終認為槍擊事件疑點重重，可能是綠軍自導自演，但警政高層則不願事件泛政治化，將此案定性為純粹的刑事案件。且為了釋疑，於第一時間立刻採取許多偵查作為。
唯一的嫌犯卻溺斃
專案小組很快就鎖定一名男子陳義雄涉案。然而，陳義雄卻在案發後第10天被發現溺斃在台南安平港，案件真相也從此石沉大海。
319當天案發後，轄區台南市警局立刻封鎖現場，並沿線查訪、蒐集證物，同時向警政署報告。警政署長張四良獲報後指示刑事局長侯友宜率鑑識科及偵一隊人員馬上搭機南下，同時通知南部打擊犯罪中心趕赴支援。台南地檢署檢察長劉惟宗也立即召集刑事局、調查局及台南市警察局等相關單位人員於台南市警察局成立「0319專案小組」。
當天傍晚17時46分，有民眾報案稱在台南市金華路三段14號前發現彈殻，警方鑑識人員前往採證後，認為這就是涉及總統槍擊案的彈殼。
專案小組比對總統車隊遊行時的沿路監視器、民眾側拍錄影帶、照片，確定總統乘座的吉普車擋風玻璃在金華路三段10號之前尚未發現彈孔。而座車行經金華路三段34號時拍攝的照片，始發現玻璃裂痕，而且有副總統撫摸膝蓋及總統撫摸肚子之動作。據此研判總統及副總統應是在13時45分左右，座車行駛至金華路三段 10號至34號間遭受槍擊。
另外，專案小組根據319當天總統車隊前導車上工作人員及TVBS記者拍攝的錄影帶，以及現場查訪，總共清查現場附近人數計434名，並根據彈道劃出槍手可能開槍的「熱區」，即金華路三段6至22號，清查當時出現在熱區附近的民眾共有40人，但仍有影像可辨識卻未查出身分者4人，另有影像模糊無法辨別者8人。
為了找出熱區中所有出現的民眾，專案小組可說是吃足了苦頭，可從日後的專案報告看出端倪：「雖多次公布現場相片希望民眾主動出面說明，然而由於政治氣氛過於嚴峻對立，民眾往往不願主動出面，警方在透過現場民眾交叉比對、情資檢舉等方式進行複式清查後，雖已清查出在場大部分民眾，然而，仍有包括灰衣男子在內之部分民眾未出面說明，造成警方清查困難……」
然而，警方在篩檢過濾監視器畫面後，仍舊鎖定一名「黃衣禿頭男子」涉有重嫌，並於3月26日將畫面於各大媒體公布，盼民眾提供線索。影片中顯示，這名男子在案發後以跑步方式沿武英街、大智街方向離開，行色匆忙，因此專案小組將他列為重點清查對象。
立委王幸男在看過影片後告知專案小組，懷疑此人可能是家中經營旗幟染整的前台南市角力協會主委陳義雄。
專案小組員警前往陳義雄家訪查，拿著照片詢問陳義雄兒子陳建州時，陳建州否認黃衣男子是父親。並表示案發當時他就在自家金華路二段366號一樓工作室，而父親在二樓住處，如果父親出門犯案一定會經過一樓，但他並沒有看到父親出門，因此父親不可能犯下槍擊案（事後證明此供詞有問題）。
就在專案小組鎖定陳義雄但仍未確定他涉案的情況下，傳來一件晴天霹靂的消息：在槍擊案發生10天之後，3月29日陳義雄被發現溺斃於安平港11號碼頭，屍體被魚網纏繞著。經檢察官、法醫相驗後，研判他是生前溺水。
陳義雄溺斃的消息一傳出，輿論更是一陣大譁，繼319槍擊案陰謀論之後，各界也認為陳義雄的死並不單純，藍營支持者更是懷疑他遭到滅口。
檢警調查，陳義雄當天原定要出席太極拳協會的晚宴，但卻在晚宴前一小時，穿著運動夾克、球鞋，帶著魚網、水桶去港邊疑似要捕魚。然而，陳義雄本人不僅曾是角力協會主委，還具有合氣道教練資格，並具有划舢舨、潛水等水上技能，理應不會如此輕易溺水。
將陳義雄打撈上岸的救生員認為，若是雙手不小心被漁網纏住落水的情形，通常應該是可以自救，更何況陳義雄的水性不錯，就算發生意外不慎落水，也不太可能就因此而喪命。
許多認識陳義雄的親友對其死亡原因莫不提出質疑，紛紛表示：「陳義雄死亡時的服裝及魚網不搭配」、「不像是失足溺斃」、「衣著整齊不像是要去捕魚」、「水性恨好，為何會溺斃」、「陳義雄去網魚時，都會著潛水衣、潛水鞋」、「港邊的魚不能吃」，認為事情並不單純。
但奇怪的是，陳義雄的妻子、子女卻對他的死亡沒有任何意見，僅淡淡地說：「讓他靜靜地離開。」
由於槍擊案的陰謀論，鬧得全台灣沸沸揚揚，319 槍擊案的專案小組為昭公信，聯繫了當時人在美國的鑑識專家李昌鈺博士，希望他能來台協助調查，以他的學識與專業意見，還有國際神探的形象，相信能讓319槍擊案脫離泛政治化的危機。
