2017年末,正當政府透過「促進轉型正義條例」賦予的權力,重啟調查威權時期各種爭議性案件時,也著手推動一個新的計畫,希望設置一個新的機構,協調政府各部門合力清查以往為解決或仍有疑義的重大犯罪事件,而針對這些懸案、疑案的調查,除不受時效限制,清查的案件甚至上溯至日本統治與清帝國統治時期。這是一個具有宏大企圖與視野的計畫:一方面希望透過對以往發生過的重大犯罪事件進行調查研究,系統性建立國內犯罪史與犯罪學的基礎;另方面,也希望透過運用新的研究與偵查方法,找尋新的線索與偵查方向,並對社會大眾提出合理的說明。
然而,此項計畫卻在政府內部引起不小爭議,並且遭到各單位的反對或消極抵制。負責犯罪調查工作的警察與檢調機關,認為以現有資源負擔龐大的治安任務都顯沉重,沒有餘力再去清查陳年舊案,更何況是調查數十年或上百年前的歷史懸案,根本與實現當前的社會正義無關。執法機關面對許多陷入謎團、未有答案的「冷案」,雖有遺憾,但也不希望無法破案的「難堪」,一再被拿來放大檢視,甚至成為「無能」的證明。收藏大量歷史資料的檔案或研究機構也認為,檔案資料上記載的各種事件,已經是歷史的一部分,可以作為學術調查的題材,但不具備案件調查的價值,更不需要大張旗鼓清查散落在各處的資料,現有資源應運用在刀口上。
政府高層面對官僚機關的質疑跟抵制,並沒有動搖推動計畫的決心,但為避免反彈擴大,導致計畫擱淺,決定改變策略,先運用政府外部的人才與資源,建立一個小型但具備專業能力的調查團隊,再由外而內,逐步推動,因而催生了名為重大歷史懸疑案件調查辦公室(the Office of Historical Suspense Investigation and Research,O.H.S.I.R,簡稱「疑案辦」)的特殊機構。目前,疑案辦是由一個對外保密的調查團隊負責運作,並且結合了一部分政府內外的專家網路,開始清查曾經發生在台灣歷史上的各種犯罪疑案。但為了避免與正式的官方組織產生衝突,因此疑案辦短期內將維持保密低調的運作方針,以網路作為主要的活動空間與溝通管道,但未來不排除成立實體的正式組織。