疑案辦目前的定位與主要任務有以下幾點：
一、疑案辦將竭盡所能重新調查歷史上的各種疑案，並且彙整資料，建立一個檔案資料庫，未來並將串接國家記憶庫。我們認為，這些歷史疑案雖在當時對被害人或社會造成了傷害，但仍然是社會記憶中不可或缺的重要元素，但以往卻因為種種原因被刻意遺忘或湮滅，而重啟調查是重新記憶的第一步。
二、疑案辦將建立一個結合各種專家與關心群眾的社群網路，重新審視這些重大疑案。我們認為，過去許多重大的犯罪事件或許受限於當時的知識或技術，而無法得到真相，因此成為懸案。如今，若能透過新的知識或方法，重新調查，或許對案情有不一樣的解釋。
三、疑案辦的定位與主要任務，不在於挖掘事件真相，給予被害者司法上的正義，但我們將尋求各方的合作，致力於將這些重新發掘的案情資料、案情內容，透過各種形式的內容故事，融入於社會記憶當中。疑案辦將努力讓事件與事件受害者的生命處境，重新回到大眾的視野與記憶當中。
