除了上次提到隸屬於法務部底下的法醫研究所與鑑識科學處刑事實驗室之外，台灣還有三個不同的中央級鑑識中心，分別是「刑事警察局刑事鑑識中心」、「憲兵指揮部刑事鑑識中心」與「中央警察大學」。
（三） 刑事警察局刑事鑑識中心：在前文中曾有提及，戰後初期省行政長官公署在其轄下的警務處第三股設立鑑識科。1946年8月，將調查、鑑識與研究股合併成立刑事室。隨著業務的發展，在1973年，警政署將第一科的刑事司法、指紋、鑑識等業務分出，成立鑑識科、指紋室、法醫室與刑事科學研究室等單位。2002年11月15日，在內政部的指示下，整併鑑識科、指紋室及法醫室，以「任務編組」的方式，成立「刑事鑑識中心」。所謂的「任務編組」，指的是改以案件為中心的鑑識方式。2003年2月21日，刑事鑑識中心掛牌運作。
其後，刑事警察局組織編制調整，指紋室改為指紋科，下轄鑑定、分析及綜合等三股，法醫室則改為生物科，下轄檢驗、建檔及品管等三股，及原有之鑑識科，下轄槍彈、化學、微物、文書鑑定、影音、測謊、行為科學及綜合等八股。目前刑事警察局鑑識科通過TAF實驗室認證的項目，含筆跡鑑定、槍彈鑑定及化學類管制藥品與違禁藥物、酒精濃度與微物鑑定類等共13個項目獲得認證。
（四）憲兵指揮部刑事鑑識中心：作為「軍隊警察」的憲兵，其職責之一即是將軍中不法人員繩之以法。故在1987年7月1日成立「憲兵司令部刑事鑑識中心」，專責協助軍法、司法審判中犯罪證物、疑物與刑案現場勘查。憲兵隊最初的鑑識層級，實際上不過是憲兵隊底下的一個鑑識組，改制為「刑事鑑識中心」之後，才將位階提升至直屬憲兵司令部（現在為憲兵指揮部），轄下有化學鑑識組、物理鑑識組、現場勘察組等。儘管憲兵指揮部刑事鑑識中心的名聲似乎並不為人所知，但實際上，它與刑事警察局及法務部調查局等兩單位，並列為我國三大刑事鑑驗單位。
（五）中央警察大學：中央警察大學是我國唯一專門培育鑑識科學人才、研究鑑識科學學術的學術單位。自1989年設立「鑑識科學系」迄今，成立剛滿20年。1995年，警官學校改制為警察大學，隔年便增設鑑識科學研究所。1999年，設立鑑識科學研究所博士班（分為「化學與物理鑑識組」、「生物鑑識組」與「偵查科學組」）。至此，台灣終於有了完整的培育系統。
警察大學的教學與研究領域，隨著年代不同而有著不同的變化。其早年較偏重於傳統的物理、化學與生物，以指紋、槍彈與文書鑑識、藥毒物、玻璃、土壤、刑事血清鑑識等為主。其後，則轉向DNA證物與微量證物分析等科學工具。在此影響下，鑑識領域擴展到包括毛髮、纖維、塗料、火場殘跡、藥毒物、玻璃、爆炸物、射擊殘跡等在內的物證。近年來，則刑事昆蟲鑑識、植物鑑識也相應地突飛猛進。此外，由於科技的進展，影像處理與鑑識方面亦成為近年主流。此後，由於已通過了新的刑事訴訟法，因此鑑識法學應該會逐漸受到重視。
儘管警察大學係以教學及培育警察幹部為主，但是也以「刑事科學研究委員會」的名義接受法院委託從事物證鑑定及刑案鑑識工作。
上述鑑識單位只是隸屬不同，各自獨立作業，而相關的鑑識知識與技能，則會透過各項實務或學術研討會相互分享及交流。但是因為這些單位的鑑識工作同質性太高，為避免疊床架屋及重複浪費，所以各單位依據其資源及特性，逐漸發展出不同之特殊或專精鑑識項目，例如中央警察大學以刑事（槍彈鑑驗、化學分析、影像鑑定）、交通及火災案件之鑑定等，刑事警察局以指紋分析與比對、刑案證物DNA鑑定、毒品化學工廠鑑定等，法務部調查局以保育類野生動物產製品DNA鑑定、數位鑑識等，法醫研究所以支援各地檢署法醫解剖與鑑定、法醫檢體之化學及毒物分析、無名屍DNA鑑定等，憲兵指揮部則以毒品尿液化學鑑定、軍中槍擊或爆炸案件之鑑定等為主。之前曾有學者專家建議，將各單位的鑑識機構做整合，成立中央級的國家刑事鑑識中心，支援各項司法鑑定工作。但是因為牽涉的問題太多、機構過於龐大及政府經費拮据，目前仍為討論階段。只是，基於公平辯論公務部門鑑定的可信度及正確性，可以研議及推動的是私人鑑定制度的司法挑戰。
此外，由於每一個案件性質不同，可能有些案件需要專業的火災原因鑑定、工程災變鑑定、交通事故鑑定、食品安全鑑定、醫療糾紛鑑定等，都可由不同的業務主關機關進行鑑定，或由地檢署、法院選任或委託不同的專業單位、大學院校、民間檢驗機構等進行鑑定。