1989年1月27日，鄭南榕不願收下臺灣高等法院檢察署所簽發的「涉嫌叛亂」之法院傳票，開始自囚於臺北市民權東路三段的時代雜誌社，同時他宣告要行使公民抵抗權，司法機關必須親自到雜誌社拘提他，但他也絕對不會輕易就範，在他過世後出版的《自由時代》專刊便刊載了他留下的宣言：
國民黨不能逮捕到我，只能夠抓到我的屍體。臺灣人與從中國來的人們之間有難於解決的遺恨。但是，無論如何此遺恨非化解不可。若不建立臺灣國，臺灣無法達成真正的民主化。臺灣須以一個獨立國家獲得世界各國的承認。必須依據公民投票決定臺灣的獨立。
還有十一天就是農曆春節，由於法院數度傳喚，鄭南榕都沒有出庭，警方原本研判鄭南榕至少會回家過年，他們就有機會拘提鄭南榕，但鄭南榕堅決固守雜誌社，委託弟弟將父母親都接到雜誌社一同團聚，警方也只好改變作戰計畫，以雜誌社樓上的某一房間作為臨時指揮所，並長期在雜誌社附近監視鄭南榕的行動。
一直到4月7日鄭南榕自焚為止，警方及相關情治人員總共在雜誌社附近部署了71天，之所以會採用這種非同一般的執法程序，其實是因為警方也有接獲消息，知道鄭南榕準備了大量的汽油桶，要採玉石俱焚的方式抵抗到底。
位於電梯公寓三樓，將三樓整層打通的雜誌社，在樓梯間施作了鐵門工程，不管是二樓往上還是四樓往下，都加裝了紅色鐵門，目的就是要拖延警方攻堅的速度。對於使用電梯的公寓住戶來說，這兩道鐵門雖然不影響日常生活，但有阻礙安全逃生的疑慮，特別是鄭南榕又在雜誌社囤放了大量的汽油，若是不幸致災，後果令人不堪設想。不僅會損失人身性命安全，黨外運動的支持輿論也將可能面臨挫敗。
而原本公寓的鋁窗為了要防止警方投擲催淚彈強勢攻堅，全部加裝細格網的鐵雞籠，鄭南榕最後的日子，都是在彷彿牢籠一樣的雜誌社裡伏案工作。
根據鄭南榕遺孀葉菊蘭的說法，雖然大家都順著鄭南榕的意思，幫他買來一桶桶汽油，放在總編輯辦公桌下；也帶了打火機，用電火布膠帶貼藏在桌底板。但這些雜誌社的員工與志工，多半覺得他不至於做得那麼絕，畢竟葉菊蘭和女兒鄭竹梅也經常陪鄭南榕留宿雜誌社，縱使鄭南榕想要慷慨赴義，斷不可能陷妻女於危險之中。
唯有葉菊蘭清楚丈夫的脾性，鄭南榕說到就會做到，只是時機未到。每天提心吊膽的葉菊蘭，透過許多朋友轉達她的憂慮，或從旁側擊勸服鄭南榕，但都收不到太大的果效。
最後，4月7日發生了不可挽回的悲劇，早上九點多，在廣告公司上班的葉菊蘭接到雜誌社起火的消息，心裡很明白鄭南榕已經赴義了，趕回家換上布鞋，心裡想的是要踹那些逼死她丈夫的國民黨特務和警察。
和葉菊蘭一樣心思的，還有圍在雜誌社樓下數百位激憤的群眾，鄭南榕自焚的消息炸開來，即使雜誌社的烈焰已經撲滅，但到場民眾手裡拿著棍棒掃把等自製武器，和樓上三十多位攻堅的霹靂小組和警察展開對峙，怒火一觸即發。本來只是要拘提鄭南榕的霹靂小組和警察，裝備不足，加上指揮官和數名員警都被燒傷送醫，雙方僵持了將近一天，最後是出動保一總隊趕來清場，才把他們全數救下。
關於4月7日當天的事件，經過多年的整理與回顧，鄭南榕的自焚，似乎有幾個疑點可供討論，且大致分成三派說法。
失手說
被迫說
自主說
首先談失手說。這一派的說法雖然細節各有不同，但大多認為鄭南榕是在雜誌社製作及囤放「汽油彈」，事發當時是因為向警方投擲汽油彈不慎，導致引火自焚，而後才關上總編輯室房門，獨自燒死在室內。這派說法甚至認為汽油彈曾從三樓投擲到樓下，造成警消受傷。
但如果仔細研究，會發現汽油彈的說法是毫無立足根據的，第一，為了阻隔從外投入的催淚彈，雜誌社的鐵窗完全被鐵網封死，當然也不可能從內拋出汽油彈；第二，當年就在現場的刑事警官高仁和，他很明確陳述過當時的攻堅行動，是早上六點多率先聽見雜誌社內發出數聲巨響，緊接著看到三樓開始竄出濃煙、烈焰，然後他們開始展開救援行動。由此推斷，應該是錯把鄭南榕引火自焚後，疑似室內家電或家具的爆炸聲，誤以為是汽油彈爆炸。
警方蒐證錄影帶：
但「失手說」之所以會被採信，主要是因為有一大波的火勢，是當警方用乙炔切割鐵門的時候，乙炔大量火花濺射，有人誤將或者故將汽油潑灑於樓梯走道而引發的。由於這起事件確實造成多名警消全身大面積灼傷，甚至有消防人員手骨被燒到扭曲變形，就連陪同的外省籍老里長也被波及，但這些人都沒有直接靠近或進入鄭南榕自焚時的總編輯室，因此可以確信樓梯間及雜誌社的火勢，的確是潑灑汽油所造成的。
至於在樓梯走道潑灑汽油的人，是雜誌社的員工？或是義憤填膺的志工？抑或是鄭南榕原本為阻止乙炔切割鐵門，卻不幸引火上身？真相如今已難以考辨，也造成失手說一直被視為有討論空間的觀點。
而被迫說是從失手說發展而來的，其實都是為了要淡化鄭南榕為言論自由犧牲的決心。被迫說認為，在警方的強勢攻堅之下，鄭南榕見大勢已去，才決定以死明志。已故作家李敖曾經與鄭南榕一同籌辦雜誌社業務，他甚至戲稱鄭南榕是因為不想再被關，才出此下下之策。
1986年5月19日，鄭南榕發起519綠色行動，抗議長達36年的戒嚴，迫害台灣言論自由、阻礙台灣民主進程，數百人在艋舺龍山寺前發起12小時的靜坐抗議。鄭南榕於6月2日被捕，關入台北看守所約八個月，牢房編號為2280，剛好在1987年出獄，即二二八事件40周年，一連串的數字暗示，讓鄭南榕決定將抗議的力度加大，是展開平反二二八事件的運動先驅。
從上可知，李敖的評論也是空穴來風，一個甫出獄就繼續對抗政府的人，一個歌頌1970年代韓國學生運動流血流汗的人，怎麼可能畏懼區區牢獄之災。鄭南榕的獄中日記甚至也寫明：「臺灣的政治問題若未解決，早出獄、晚出獄並無多大的差別，臺灣只不過是一個龐大的監獄。」可見鄭南榕的自焚與是否入監服刑毫不相干，被迫說純粹是在火場外揣度鄭南榕心思的鄉民思維，經不起探究。
最後就是自主說。也是最多人願意相信的一個說法。
這個說法其實可以從鄭南榕的遺體看出端倪，倘若他的自焚是出於不情願的狀況發生，那麼他的生前掙扎應該會相當明顯，著火後的大力掙扎，四肢應該會呈現紛亂扭曲的狀態，或者死意不堅的人甚至可能會想辦法撲滅身上的烈焰而在地上打滾，造成各種物品散落。
但鄭南榕的遺體面部朝天，雙手平舉至胸前，全身繃縮並緊緊握拳的姿勢，如同1963年越南僧人釋廣德自焚的時候，全程維持禪坐姿勢，在烈焰中靜靜等待死亡降臨。如果不是求死心切，放棄求生意志，怎麼可能維持這麼穩固的姿勢。
而另一個關鍵事件，即是他在關上總編輯室門，準備自焚的時候，特別將女兒鄭竹梅託付給當時雜誌社的總務主任邱美緣，這個動作排除了失手說，但同時也揉雜了一點被迫說的觀點，總體來看，這個事件還是自主說的主要支點。鄭南榕決心赴死，但他在等待時機，奈何警方選了一個妻女都留宿雜誌社的隔日清晨攻堅，萬不得已要把他的自焚計畫走完，因此才臨危將女兒託付給邱美緣。他在等待的時機沒有浮現，步調被警方打亂，某種程度來說也是有點被迫的意味。
拘提鄭南榕的時候，當年擔任組長的現任新北市長侯友宜也列隊其中，他將之定調為「失敗的救援」，呼應先有爆炸聲與火勢，才有警消強力攻堅行動的，等於間接推翻了失手說。但也規避了警方是迫使鄭南榕提早將自焚計畫執行完畢的兇手之一，以動機來說是自主，以時機來說卻是被迫，那麼，警方的攻堅手法就值得再深入探究。是否能有將槍口稍稍偏挪五公分的正義，用其他方式讓鄭南榕的自囚案落幕，而不是演化為自焚案呢？服從上級指令的同時，難道執法者也失去了作為人類的基本道德判斷嗎？
細觀樓梯的火勢、遺體的狀態、女兒的安排等等，都可以看出各說的立論與疑點，但只樣稍加排佈，甚至觀察鄭南榕自焚後，民進黨黃信介、國民黨李登輝等人對於鄭南榕自焚的不以為然，屢屢提到解嚴後的社會運動應訴諸法律體制解決等等之論，反而能看出鄭南榕既與當時的國民黨為宿敵，又不見容於當時以民進黨為主的黨外勢力，腹背受敵乃逐漸發展出以死殉道的思想，其實也是可以推知的結果，那麼，關於自焚的自主說，也就愈來愈可靠了。