1624年，透過漢人海盜李旦在荷蘭和明朝之間協調後，同年的8月26日，荷軍撤出澎湖、轉往大員，在台灣建立根據地。
在熱蘭遮城與普羅民遮城築城之初，荷蘭在台灣尚未站穩腳步，加上有李旦海盜集團於東亞與之競爭，美麗的福爾摩沙只是海域遭漢人海盜壟斷、難以發展貿易的困境淨土。
另一方面，在1623年武力征伐新港社、1624年以布匹換取用地後，荷蘭人的武力展示顯然暫時震懾了南部的平埔原住民族；此時，荷蘭台灣總督正想方設法，希望速速立足台灣……
開局的一場屠殺：謀殺者之河
1629年，當時的荷蘭台灣新長官彼得 • 納茨（Pieter Nuyts）得知漢人海賊三腳大爺（Sachataija）就藏匿在麻豆社（Mattau、Toukapta）附近；新官上任三把火，納茨亟欲表現，積極地想要伸張台灣主權為荷蘭不可分割的一部分，打定主意要給當時的海盜集團一點顏色瞧瞧；漢人海賊情報一出，納茨便於7月31日派遣了一個中隊、約63人的士兵前往搜捕。
鑒於1623年荷蘭人以優勢武力大敗新港社的教訓，麻豆社人也非常積極地幫忙搜捕三腳大爺，熱烈歡迎荷蘭人進駐。儘管有麻豆社人的「熱情」協助，幫荷蘭士兵指認地方方位找人，這些士兵卻一個海賊也沒逮到，只能打道回府。
在離麻豆社約六、七公里外準備渡河（今將軍溪）時，由於溪水湍急，沒有便橋，加上當時荷蘭人的身高只有160-165公分（麻豆社人平均約高出他們一個頭身），欲背槍渡河的他們幾乎束手無策。這時，好心的麻豆社又主動幫忙，說可以背槍、背人渡河。
荷蘭人毫不懷疑地答應了。
──這63名士兵在渡河時全部葬身溪底。麻豆社人在河中間扔下士兵、奪走槍枝，拿它們將荷蘭士兵壓進水裡，最後予以射殺。最後逃出的只有一名漢人通譯，和荷蘭帶來的黑人奴隸。
消息傳回台灣長官納茨耳裡，納茨儘管氣炸了，在他的任期內對此卻無法有任何作為；荷蘭人在這段時間只能怨懟地在地圖中將這條溪標寫成謀殺者或叛亂犯之河（de verrader ofte moordenaer rivier）。
另一場權力鬥爭：多加佐古之理加（Takasako no liga）
納茨對麻豆社的作為束手無策的最大原因，即與著名的「濱田彌兵衛事件」有關。在這場政治風暴中，除了荷蘭長官、濱田彌兵衛以及長崎代官等荷日雙方的頭號人物外，還有受惠不少、從頭到尾全身而退、極有可能是主謀之一的新港社原住民理加（Dijka），也因此事件亦有「台灣王」（coninck van Formosa）之稱。
理加告訴家人要去海上十來日，打劫往來船隻、賺點外快，接著就在1627年8月「自願」上了濱田彌兵衛返回日本的朱印船，前往晉見長崎代官末次平藏，最後則進一步面謁德川幕府，準備「獻地」。
巴達維亞方面，當時為了解決日荷貿易的問題，便派了新長官納茨前來。納茨在台南稍作停留後，於1627年7月動身前往日本──也就是荷蘭台灣長官與新港社的理加都來到了日本，雙方皆以求見幕府將軍為目標。但最後得幸的不是納茨，也不是濱田彌兵衛，反而是這位來自多加佐古（Takasako，高砂）的理加：荷蘭與濱田彌兵衛的事情在這次晉見中懸而未決，雖然理加獻出供品並準備獻地，但德川幕府卻僅回贈禮物與頭銜，並未接受獻地。之後，理加隨著濱田彌兵衛和其500名侍衛，搭著長崎代官的船返回台灣。
眼見和幕府會談無望，納茨早理加一步回到了台灣。1628年5月抵台的理加，被荷蘭視為「卑賤之民」，在得知他搭乘的船隻武力強大後，荷蘭一開始不准他們靠岸；船長濱田彌兵衛與數個隨員上岸交涉，竟遭納茨扣留，要求他除非答應解除船上武裝、至離去前皆交由荷方代管，否則不予釋放。船上16位新港人受到監禁，所有日方贈予的禮物悉數沒收──不過仍有數人成功逃回了新港社。
整個交涉過程不只延誤了長崎代官的朱印船原本預計去中國的行程，台灣長官更不准他們回去日本本土。6月29日，濱田再度率眾前往交涉，納茨高傲的態度終於激怒日人，當場拔刀鬥殺並綁架納茨。日荷雙方的談判直到7月4日，才以「釋放新港社人」與「賠償日方未能前往中國所帶來的損失」和解。
荷蘭人的回頭殺：搜索理加
獲釋的新港人回到社裡和族人歡慶，並酬謝一路陪同他們的日本人。荷蘭人在新港人眼中早已不值得信賴，不僅監禁他們的族人，更掠奪日人贈予的禮物。長官納茨也在不久後造訪新港社，對幾位頭人饗以酒肉，並以干治士（George Candidius）牧師的名義施給30匹cangan布（荷蘭來的棉布），才讓新港社緊繃的情勢稍有緩和。
1629年2月，納茨突襲新港社，搜捕理加一群人；但風聲走漏，理加早已逃之夭夭。撲空的納茨威脅新港社，若不在6天內交出理加一夥人，就要搗毀整個村莊，新港人則霸氣地表示：要燒給你燒，我們搬去別的地方住就好！以棄社回應。納茨眼見脅迫無效，只能態度軟化，僅宣示般地搗毀1627年赴日一群人的家屋，並下令新港人依習俗繳納豬隻與米糧作為懲罰；新港社和荷蘭台灣方的關係，至此盪到了谷底。
而濱田彌濱衛鬥殺的消息傳回日本後，日本朝野大怒，斷絕了平戶荷蘭商館貿易往來的請求。納茨這個可憐的長官非但沒有得到任何實質上的功績，卸任台灣長官後還被巴達維亞當作罪人，連同其子於1632年引渡至日本監禁。4年後，荷蘭人以一座796斤的青銅燭台將其救回，但納茨的兒子已病死日本。贖回後，巴達維亞方面一併解除了他所有東印度公司的職務，遣回荷蘭。
圍城與反攻：麻豆社聯盟
為了代替捅出「濱田彌兵衛事件」簍子的長官納茨，巴達維亞方面派遣了漢斯 • 普特曼斯（Hans Putmans）出任荷蘭台灣長官。7月時成功謀殺了荷蘭士兵的麻豆社，在那之後便不斷騷擾新港社以及熱蘭遮城周遭，新任長官也試圖派人前去新港築城防禦。此舉引起了麻豆社的注意。1629年10月9日的《熱蘭遮城日誌》中這樣寫道：
有個新港居民奉新港的議會、他們稱之為Tackatackusach的命令來此地通報，有目加溜灣（Baccalouan）人和麻豆（Mattauw）人共約500人，已經來到他們地區南邊附近，計畫要在夜裡攻擊上述新建的房屋。他們不願意我們在那裡又開始砌磚造屋，還計畫要偷襲這城堡。
普特曼斯原先以兵力不足，向議會提議要拆毀工程，以免引發戰爭、損失兵力；但議會認為當地貿易資源重要，最後仍決議以少量兵力強行修造房屋。
另一方面，麻豆社和目加溜灣社的聯盟一直停留在荷蘭人的射程之外，荷蘭士官曾想要主動突圍、抓人回來審問，結果遭數百支弓箭和標槍反擊，雖無傷亡但亦無功而返。
同年11月，因李魁其占據廈門，廈門的船不敢過來台灣；日本則因濱田彌濱衛事件斷絕了貿易；台灣則是在麻豆社聯盟圍城下，無法貿易。此時大員沒有任何商業行為，資源消耗、壓力巨大，後來就接連發生駐守的荷蘭士兵遭打死，以及當地的中國商人遭劫殺等情事。台灣長官驚覺此事連漢人都無法倖免，事態嚴重，認為「除非使用強大的武力把他們的人和村落徹底擊潰破壞，焚化他們驕傲自高之氣，他們是不會再來請求我們的友誼的。而且從各方面看起來，非這樣，就不但無法改善，還將對我們更加為難。」因此不斷向巴達維亞請求派遣大批軍隊，決定以武力報復麻豆社人。
今天決議，一旦快艇Domburch號和Slooten號從中國回來，或是其中一艘回來，就要去用火和刀毀滅目加溜灣社（來報復他們日常對我們的騷擾，以及那63個人的死亡），而且，要儘量破壞那附近的村落。
荷蘭台灣長官於11月17日做出這番決定後，三天內便親自率領50名士兵前往新港並建造砲台，預備先攻擊目加溜灣，解決掉麻豆社在南部的主要盟友。11月23日，230名士兵燒毀了目加溜灣、射殺了幾位原住民，麻豆社與目加溜灣社遂來求和。目加溜灣社表示願意服從東印度公司的統治，不再聽從麻豆人指揮；普特曼斯上任以來的強硬作風，看來得到了正面的回應。
麻豆社的奮力一搏：大加弄
儘管荷蘭東印度公司已迫使目加溜灣社臣服，但麻豆社依然是台南平原地區最大、最有影響力的部落。1633年，麻豆社的大加弄（Takaran）率眾騷擾魍港（Wankan）一帶、受荷蘭東印度公司保護貿易的漢人。當時普特曼斯因為計畫攻打小琉球，因此先採取了安撫策略，封大加弄為原住民小琉球征討軍的統帥，並派遣干治士送禮物給麻豆社的大加弄。
只是大加弄並沒有因為這點利益便隨著東印度公司起舞；在荷蘭出征小琉球時，麻豆社並未參與。在大加弄騷擾魍港漢人的同時，一方面揚言和日本人合作、準備赴日；一方面又鼓動部分新港社婦女舉辦傳統的limgout祭典儀式（由尪姨主導的傳統儀式，在豬槽頂飲酒跳舞祭神），公然挑戰東印度公司的傳教士。
此外還有一些小事件如：一名新港人對宣教師揚言「如果神職人員要取回交託給他照料的公司獵狗，他將不再信奉基督教」；另一早已經與伴侶疏離、不相往來的新港人，也倡言若有神職人員膽敢阻撓他們分開、硬要他們兩人復合，將不惜宰了白目的神職人員。
在新港與蕭壟隨著普特曼斯出征小琉球後，麻豆社便以此為藉口，揚言攻擊新港和蕭壟兩社，蕭壟社還因此被麻豆社獵首了一名婦女。此外，大加弄還以祭祀用法器pokon和其祭祀行動，控制了剛加入新港社、位於新港社外圍的Topangh社。大加弄設置的Pokon也引起新港人的恐慌：
長官閣下與議會決議，（因牧師尤紐斯匆忙趕來此地告訴我們，在新港有幾個人要陰謀反叛我們在那邊的勢力，想要謀殺牧師們以及所有派駐那裡的士兵），為要盡可能保持公司已經擁有的勢力和權威，要利用現有的能力，派遣一支八十個士兵的軍隊，於今天前往新港，去用最適當的方法逮捕那些主要的反叛首領，把他們帶來此地，以便進一步調查他們的情況。上述軍隊準備好以後就立刻出發了。
普特曼斯隨即率領80多名士兵到新港社，焚毀其周遭的Pokon，並鼓勵新港人圍剿麻豆人。新港周遭、大加弄一行的麻豆社團夥在荷蘭台灣長官與新港社的圍剿下開始逃竄，最後出面求饒。
剿滅、反叛與臣服：荷治時期的麻豆社模式
麻豆社大加弄的行動，在當時的西拉雅社會營造出一股反荷蘭的勢力。在Pokon事件後不久，大加弄先設法與蕭壟社結盟，卻因為當時突如其來的天花瘟疫肆虐，麻豆社的聯盟力量大為衰退；1635年8月，從巴達維亞來的艦隊補給了荷蘭台灣長官所需的兵力，10月，東印度公司的會議一度提議要再次攻擊小琉球：「即為要轉移麻豆人的注意，我們是否應該先去征伐金獅島」，長官普特曼斯表示反對，認為要先處理掉麻豆社才能出兵金獅島（小琉球）。
後來普特曼斯得知了麻豆社和蕭壟社密謀合作的消息；更讓他意外的是，此次有一名新港人參加。尤紐斯牧師建議道：
麻豆人和蕭壠人宣誓要互相協助，因為他們知道了，我們要對他們作戰，也因此，麻豆人已經把以前存放在田野的一些物品又帶回去了；又說，有一個名叫Tabelja的新港人，是那些最主要的陰謀者當中的一個人，已經去南邊，要去陷害他的敵人，按照他們通常的走法，他回來時會經由赤崁的沿海，我們可以在那裡守候逮捕他。
東印度公司對麻豆社人的計畫很快就傳遍整個西拉雅部落，普特曼斯再得知麻豆社人的行動後，反對預先埋伏逮捕他們，覺得這麼做會帶來很多麻煩；荷蘭台灣長官不想在現階段引起公司和麻豆社聯盟間的全面戰爭。
此外，在決定對麻豆社開戰之前，新港人逮捕了一名麻豆社頭人Sambdau，並將他囚禁在新港社內。1635年11月23日，荷蘭台灣長官開始討伐麻豆人，將500白人士兵分成七隊；東印度公司的聯軍先是抵達目加溜灣社，保證不傷害他們、平息恐慌，隨後於黃昏時到達麻豆社。麻豆社見到聯軍也沒有抵抗，並讓聯軍在社內紮營過夜。然而，聯軍於隔日放火燒毀麻豆社，還殺了26名麻豆社人，讓新港人將其頭顱奪去。
11月28日兩個村莊長老從麻豆前來歸順。乃交給他們一份條約，他們答應將向大家徵詢意見。12月3日他們偕同一大群人再來城堡，要來確認交給他們的條件。作為歸順的象徵，他們把種在土裡的小檳榔樹和小椰子樹交上來。該條約於12月18日宣告生效。
荷蘭對麻豆社的總攻擊，在麻豆社幾乎毫無抵抗下，燒毀了他們約3,000人的村莊、迫使麻豆社投降。大加弄在此次事件後消失無蹤，可能是那被殺的26名麻豆社人的其中之一。
由於麻豆社為當時大員附近最大、最有影響力的部落，東印度公司擊敗麻豆社之後，相對的正面效應也隨之浮現；例如與麻豆社有過節的大武壠（Tevorang）社，在得知聯軍擊敗麻豆社後，便在27日獻標槍表示願意加入聯軍。另一方面，公司決心利用強勢武力燒毀村落、逼迫投降之方法，也同樣運用在後來幾次的征討上：
12月22日繼續去討伐．搭加里揚，這個村莊位於大員東南方12到13浬。有400到500個新人會同500荷蘭軍隊去討伐。這個村莊也被夷為灰燼。1月8日去討伐蕭壠。有7個曾經參與那場謀殺的人被交出來斬首。荷蘭軍隊接著去山裡找大武壠（Tevorang）村莊，在那裡得到親切接待。1月13日普特曼斯回到熱蘭遮城。
公司利用武力降服當時台灣南部的主要部落，並獲得了許多新部落的投靠，終於踏穩東印度公司在南台灣的統治位階。其中麻豆社條約亦被拿來用於往後的征服上，條約內容大致如下：
- 交出被謀殺的荷蘭人的骨骸以及屬於他們的物品。
- 村莊的首領以交出種在土裡的小檳榔樹及小椰子樹，表示轉讓麻豆社及其附近土地給荷蘭政府。
- 麻豆人不再對抗荷蘭人或荷蘭人的盟友。
- 作戰時，麻豆人要與荷蘭人並肩作戰。
- 不得干擾在魍港燒石灰或進入內地收購鹿皮的中國人，須讓他們自由通行。
- 若被召喚，村莊長老必須立刻趕來城堡聆聽長官的政策。
- 為要承認所作的劣跡罪行，麻豆的村莊長老須負責，每年於那謀殺的日子，送一隻大母豬和一隻大公豬來城堡。
這樣的統治建立了荷蘭治台對原住民政策的基本模式，也維持了一段時間──但這種權力結構是建立在荷蘭有穩定的武力支援，及持續性對外族的征討行動上。到了統治末期，荷蘭人無法再提供穩定的武力支援以及壓力後，與台灣原住民的關係也再次鬆動……
參考資料
1. 翁佳音，〈麻豆社事件〉，http://formosastory.blogspot.com/2011/09/blog-post_166.html，瀏覽日期2020/3/23。
2. 康培德，〈紅毛先祖？新港社、荷蘭人的互動歷史與記憶〉，《台灣史研究》第15卷3期，中研院台灣史研究所，頁1-24。
3. 翁佳音，《新港有個台灣王──十七世紀東亞國家主權紛爭小插曲》。
4. 康培德，《理加與大加弄：十七世紀初西拉雅社會的危機》。
5. 《熱蘭遮城日誌》1629年10月9日。
6. 熱蘭遮城日誌/I-A/1629-11-07。
7. 熱蘭遮城日誌/I-G/1635-09-12。
8. 熱蘭遮城日誌/I-G/1635-10-09。
9. 熱蘭遮城日誌/I-G/1635-10-14。
10. 熱蘭遮城日誌/I-G/1635-10-28～1635-11-15/補充資料。
