為什麼偵辦南迴搞軌案的檢警，會開始調查李雙全的大哥李泰安呢？
原來提供這條線索的大功臣，就是本來的破壞鐵軌小幫手──黃福來。根據黃福來的說法，李雙全曾在他面前提到，他找了李泰安參與計畫，而且案發前一天李雙全還有來找他幫忙，要他先載李泰安到犯案地點，但遭他拒絕。
綜合黃福來的說法、解剖陳氏紅琛遺體獲得的資料，以及當天列車上乘客的證言等證據後，犯罪計畫越趨清楚，檢警認為那天的計畫如下：
李泰安先將鐵軌破壞，李雙全則讓陳氏紅琛服下意妥明藥物昏睡，之後再趁機注入毒藥，佯裝成車禍意外以詐領保險金。但計畫並不順利，當天意外發生後，有證人說看到李雙全拿出針筒準備注射，但是被發現後就作罷。原本坐在第二車的陳氏紅琛，應該不會因為列車意外而受傷，但李雙全為製造意外假象，打算將陳氏紅琛扶至有出軌的車廂，讓人誤會陳氏紅琛也是受難者，只是無法從第六車廂進入第七車廂，只好由趁亂混入的李泰安幫忙，將陳氏紅琛從第六車廂帶出。
之後陳氏紅琛被送至枋寮醫院，身為家屬的李雙全當然也跟了過去，只是一直找不到繼續下手的機會。隔天凌晨十二點四十分左右，時任內政部長蘇嘉全前往慰問，李雙全就跟了進去，等到醫師跟官員都離開後，他趁著沒人注意陳氏紅琛時拿出暗藏針筒，從陳氏紅琛的點滴輸送液管線給藥口注入「可使人凝血功能發生障礙之不詳毒液」。
經過了漫長的偵查過程後，檢警總算是拼湊出了搞軌案的大致輪廓，但並不代表事情從此一帆風順。事實上，從偵查開始直到法院判決確定，這個案子就有許許多多的爭議。
首先是媒體的介入。因為這個案子實在離奇，大批記者在李雙全、李泰安的住所「駐點」，讓全台灣都能時時更新案件進度。現場之熱鬧使不少攤販聞風而來，連李泰安也在現場賣起了包子跟麵線，這個地方因此有了響亮的名號——「泰安休息站」。
從舊新聞畫面可以看到，休息站有根柱子，上面有長期駐守的記者簽名，休息站看板也有「專案小組六折」的字樣等，這都可以讓我們一窺當時檢警與記者一同辦案的「盛況」。
而這樣媒體這樣大幅報導案情，也導致了十分糟糕的結果。
2006年3月22日，也就是檢察官決定要解剖陳氏紅琛遺體的隔天，媒體不知道從何處得到消息，竟然公布出偵辦方向，寫出檢察官懷疑李雙全是為了領取保險金，才謀殺陳氏紅琛。而隔天3月23日一早，檢察官便接獲李雙全自殺的消息，其遺書中有「解剖對我情感是壓垮駱駝的最後一根稻草，保險公司財大勢大，檢方是否會偏向保險公司我無能為力…鐵路怪客我恨你，你一定會被捉到的，希望別再有和我倆一樣不幸的人…」 等字，警方也在現場撿到紙條上頭寫著「相信驗屍報告會還我清白」，並指責媒體，表示「滿腹的哀痛，新聞報得如此不堪！」
從其遺書中可以看到「得知檢方將解剖」及「新聞所描述出的偵辦方向」是導致他上吊的原因， 不論事實為何，因為偵查被公開導致李雙全死亡的結果，都使得這場疑案更加難辦。
接著談下一個爭議，李泰安究竟有沒有參與犯案？
檢警當初會開始注意李泰安，是根據黃福來的說法：「李雙全說」他有找李泰安參與計畫，以及3月16日李雙全曾經要求他載李泰安到現場，而不是因為檢警找到李泰安有破壞鐵軌的證據，比如涉案工具上有李泰安的DNA、錄到李泰安破壞鐵軌的影像、存在看到李泰安破壞鐵軌的證人等。但檢方仍然以黃福來的證詞為證據，起訴了李泰安。
這份證詞的命運十分坎坷，一審法院認為黃福來轉述李雙全的話是「傳聞證據」，意思是被告以外之人在法院審判之外的陳述，而此陳述是要拿來證明事實是否真實。在本案中，李雙全是被告李泰安以外之人，他在法院審判外所說的話就屬於傳聞證據，而傳聞證據原則上是沒有證據能力，也就是無法用來證明被告有犯罪事實。
而到了二審，高等法院卻認為這雖然是傳聞證據，但是為了找到真正的事實，可以類推適用其他的例外規定，讓傳聞證據例外取得證據能力。
到了三審，最高法院沒有正面處理這是不是傳聞證據，而是認為當初黃福來的測謊流程有問題，二審法院不應該無視這個問題，所以撤銷了二審原判決，要高等法院再判一次。
這個案子就這樣來來回回，高等法院判完、最高法院撤銷發回、高等法院再判、最高法院再撤銷發回，一共纏訟了十年，最後最高法院終於肯認了高等法院的說法，駁回了被告的上訴，這次高等法院是這樣說：「李雙全說」他有找李泰安參與計畫這部分是傳聞證據，但是3月16日李雙全要求黃福來載李泰安到現場這部分，因黃福來有親自參與，所以不是傳聞證據，可以有證據能力。
雖然在案子中李泰安確實有許多不合理的行為，但在缺乏直接證據的情況下，或許仍無法讓人能夠一錘定音的說：「李泰安確實有參與犯罪計畫。」
最後，談談檢方版本中，李雙全最後注射的「可使人凝血功能發生障礙之不詳毒液」吧！
一開始，或許是因黃福來的說法，陳氏紅琛死於「蛇毒」的說法十分盛行，但之後解剖，檢察官確實沒有在陳氏紅琛體內驗出蛇毒，但也無法確定致死的「可使人凝血功能發生障礙」的毒液是什麼。
甚至還有法醫意見認為，陳氏紅琛是死於「多重性外傷」，這個意見輔以枋寮醫院開出的診斷證明書，「胸部挫傷併肺大量出血、腹部挫傷併腹內出血、顱內蜘蛛網膜下腔出血、火車發生意外導致重大創傷及休克」，讓陳氏紅琛的死因更加難解。
不過，之後高等法院認為此法醫的鑑定中有可疑及不完備的地方，比如陳氏紅琛並未因意外而受外傷，但法醫鑑定意見卻說他有胸部挫傷、也沒有發現陳氏紅琛體內有過量意妥明及酒精，所以不採信此法醫的說法。
最後高等法院認定，李雙全從陳氏紅琛的點滴輸送液管線給藥口注入的不是毒液，而是含有酒精的液體，因陳氏紅琛已經攝入過量「意妥明」而有中毒之情形，又攝入過量酒精之加成作用，才會導致藥物與酒精中毒致中毒性休克，進而有死亡結果。
「南迴搞軌案」一共纏訟十年，這十年間對於偵查公開的界線、傳聞證據的使用、鑑定制度的問題，乃至媒體的倫理、詐領保險金的情形等，都是必須檢討的問題。但這個案子發生至今，傳聞證據在我國仍是可有可無的規定、原則上不公開的偵查常常出現例外情形而被公開，媒體更是在許多案例中展露其嗜血的傾向，對案件真相、偵查程序毫不在意。或許這個疑案，就如同泰安休息站那樣，只能帶來短暫的熱鬧，喧囂過後就被拆除一空，什麼也留不下吧。
